Cúp Intertoto 1968 là mùa giải thứ hai, theo sau mùa giải trước khi không có các vòng đấu loại trực tiếp, vì vậy không công bố đội vô địch. Giải đấu được mở rộng, với 50 câu lạc bộ và 14 bảng so với 48 đội và 12 bảng ở mùa giải trước. Các câu lạc bộ từ Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha lần đầu tiên tham gia.